上班打卡制，下班責任制，主管永遠等下班前才交代工作

畢業後，在一家規模還可以的公司上班2年多，做的是進出貨相關的文書工作，本來工作沒什麼問題，偶爾量大需要稍微加個班以外，都算是準時上下班。

年初時單位合併，換了一個算是公司內滿老的主管之後。除了自身的工作之外，有被要求要多做一些工作。工作性質屬於本身不困難，但是需要花不少時間做整理的類型。而導致我必須留下來加班趕工的問題點，出在主管常常在下班前不到半小時才會開始交代工作，然後說我明天早上就要。或者是禮拜五下午交代工作，禮拜一一大早要用，沒做好劈頭就罵，像是:給你一個禮拜的時間，這些東西那麼簡單都做不好?

糟糕的是公司在習慣上只有現場人員才會給加班費，如果是文職人員，原則上會說是你的工作效率問題，所以基本上不太可能拿到所謂的加班費。並且上班如果遲到是以每分鐘計費扣薪，然後會扣全勤。下班時間到會要求先打卡下班再回來作業。所以導致在文書紀錄上其實我並沒有加班，而且也很難證明主管很晚給我資料。白白吃了很久的虧。

想請問該如何解決這種問題，由於家附近的工作不多，目前這間公司在薪資上以附近來說也算是在中游上面一些，要換工作也不太容易。

在這種環境下有沒有辦法進行自身權益的爭取呢?
感覺只要提出意見就很像在挑戰這個體制跟主管的權威，不知道該怎麼進行協調。