想請問公司規定加班申請問題是否違反勞基法

看完你的提問我稍微查詢了一下，以下是我查詢到的整理:
基本上勞基法第24條規定，延長工作時間應給加班費
很多公司會建立事前申請制度，依過去的法院判決來看，也曾有過兩種不同的判決，一是認為勞工加班為事實，且有舉證，雇主不應依事前申請制度來拒絕支付加班費；另一個則是依勞工清楚事前申請制度卻不申請，從打卡工作時間來看也不能證明延長工時是否處理公事而判不得請求加班費
資料來源:  https://chenandchou.com/zh-tw/articles/177

可以採取的行動:
與公司人事溝通，委婉表達此為實際加班工時，公司應依法給付
提出佐證資料，加班期間的系統記錄、主管回覆、其他工作證明等，以證明這段期間確實有工作事實
諮詢免費法律資源（如法律扶助基金會、勞動部勞動法令諮詢專線）
若有佐證但溝通無效、諮詢法律後確實有損自身權益，再考慮向當地勞工局申訴

1 你的問題是公司因加班申請流程逾期不給加班費，是否違反《勞基法》。
2 勞基法第24條明定，延時工作必須給付加班費。
3 加班申請流程是公司內部管理程序，不得作為拒付加班費的理由。
4 即使事後補件，公司仍應支付實際勞動時數的加班費。
5 你有提供實際勞動的證據（如打卡、監視器），公司應依法給付。
6 公司不能以行政流程錯誤為由，剝奪員工應得工資。
7 人事單位駁回申請，不等於勞動事實不存在。
8 員工延遲申請，頂多行政上提醒，不能拒付加班費。
9 若公司長期如此操作，恐涉違反勞基法、蓄意逃避工資。
10 建議蒐集證據向勞工局申訴，可要求補發薪資與行政處分。
11 員工依法工作，公司依法給薪，是基本勞資原則。公司規定加班申請問題，事後補件，可以下個月結算加班費，但不給就是違反勞基法。向勞工局申訴。
12 祝福你。