請問資方在這些侵害勞工權益的情況下，我應該去申訴了嗎？

第1題：
(1)未休完之特休，可申訴。(勞基法第38條)
(2)加班費比較容易有舉證相關的爭議。
依據「臺灣高等法院高雄分院108年度勞上易字第38號判決」與「臺灣高等法院108年勞上易字第92號民事判決」判例，可以得知以下觀點：
A.法院仍以加班申請制來否決勞工請求加班費為主要見解。故，若公司設有加班申請制，且勞工在知悉此制度的存在(屬於反證的工作規則)，但卻未經過申請且主管核准就逕行加班，在此情況下，勞工當日的工作時間並未經過合意變更，故勞工即不可請求加班費。
B.勞工若要申訴前公司拒絕支付勞工的加班費，必須有舉證責任，如果沒有辦法證明，那麼勞工還是不能請求加班費。舉證例如打卡紀錄、錄音、通訊軟體…等記錄。
C.雖然勞動事件法第38條明定將舉證責任轉由雇主負擔，簡單來說就是「推定勞工在出勤紀錄上的時間都是經過雇主同意的」，此立法目的是為了降低勞工證明工時及加班費之困難度。不過，若就以上兩則高等法院的判決來看，其均維持加班申請制的適用與見解。所以，勞動事件法之作用是否可以發揮效用，仍有待時日觀察。
第二題：
【法】勞基法或民法皆未明文勞動契約應以書面約定，因此勞動契約亦屬於「諾成」（非要式）契約，簡單來說就是「口頭」勞動契約亦同等於書面勞動契約。
【理】雇主若在錄用勞工時，口頭承諾勞工的薪資條件，確實是要說到做到。
【情】實務上，公司的營運有賴於雇主與勞工共同一心的團隊合作，若公司營運真的出狀況，雇主也展現對勞工真誠負責任的態度，勞工在顧及自身權益時，有時也建議能抱持著「助人利他」的精神跟雇主共體時間，重擬雙贏的僱傭承諾。
第三題：
若雇主無於口頭或書面勞動契約承諾勞工加班費申請相關勞約細節，且又無加班申請制，一切以最終下班打卡的時間為準，且需有出勤紀錄的佐證。
第四題：
依據勞基法第30、32條，可申訴。
第五題：
根據《2021年中小企業白皮書》資料顯示，2020年臺灣中小企業家數為154萬8,835家，占全體企業98.93%，其實許多中小企業雇主是普遍缺乏勞基法與人力資源等基本認知的，當然也有不顧永續經營而明知故犯的雇主。所以，勞工要先學會保護自己，在求職時，就要有基本勞工相關法令的認知、隨時於104人力銀行網路平台上參考相關求職者的經驗，以及在104人力銀行網路平台上向職場資深前輩提問。在資訊充足的情況下，相信可以提高勞工的求職決策品質，也讓不良雇主自然而然地被市場淘汰。

您已經分析的很透徹，我就不再綴述。建議在做行動之前，您先列出來您要什麼，：沒算給您的特休，加班費，精神補償，還是為還在公司的同事未來的福利，還是都要。同時前公司會有什麼行動，您將如何因應。就像下棋一樣，做每個行動之前先想未來3步。
再想想自己的退路，未來有沒有可能會回到前公司，未來的公司會不會去前公司做Reference。也許會，也許不會，您怎麼因應，您可以現在先考慮後再做決定。